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蛋白組+修飾組關(guān)聯(lián)分析

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蛋白組+修飾組關(guān)聯(lián)分析

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項(xiàng)目介紹

     在生物體內(nèi)各種翻譯后修飾過(guò)程不是孤立存在的，當(dāng)某個(gè)關(guān)鍵蛋白發(fā)生修飾后，會(huì)影響與其直接相互作用的蛋白或?qū)е峦飞舷掠蔚鞍装l(fā)生變化。蛋白互作網(wǎng)絡(luò)是用于分析這一復(fù)雜生物過(guò)程的有效手段。

分析方法

      修飾組學(xué)與蛋白組學(xué)鑒定到的蛋白通過(guò)與STRING蛋白網(wǎng)絡(luò)互作數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)后，提取confidence score > 0.7（high confidence）的蛋白集合互作關(guān)系，用Cytoscape軟件對(duì)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化。然后使用MCODE插件挖掘網(wǎng)絡(luò)中具有高連通性的模塊，進(jìn)而對(duì)模塊中的蛋白進(jìn)行功能富集分析，標(biāo)記出每個(gè)模塊可能參與的關(guān)鍵生物過(guò)程。

樣品要求

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