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Visium空間轉(zhuǎn)錄組

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Visium空間轉(zhuǎn)錄組

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項(xiàng)目介紹

Visium空間轉(zhuǎn)錄組測序是依靠10x Genomics Visium平臺(tái)，結(jié)合顯微成像、靶向探針捕獲、芯片和測序技術(shù)，從切片中獲取不同位置細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，并將組織學(xué)和基因表達(dá)分析結(jié)合，通過數(shù)據(jù)處理進(jìn)行基因表達(dá)和形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)的可視化。

技術(shù)原理

    10x Genomics Visium的核心是利用空間表達(dá)芯片捕獲分子并標(biāo)記空間位置和標(biāo)簽，基因表達(dá)芯片包含4個(gè)點(diǎn)陣區(qū)域（6.5mm x 6.5mm），每個(gè)點(diǎn)陣含有4992個(gè)barcoded spot（直徑55um），每一個(gè)spot有一種空間定位條形碼?；虮磉_(dá)芯片上的組織切片透化后釋放mRNA被spot上對應(yīng)的條形碼原位捕獲，進(jìn)一步文庫構(gòu)建和測序。測序數(shù)據(jù)中空間條形碼序列將轉(zhuǎn)錄信息映射回組織切片中的起始位置，從而還原轉(zhuǎn)錄本在組織中額位置分布，實(shí)現(xiàn)基因表達(dá)的空間可視化。

應(yīng)用方向

1、腫瘤研究

2、發(fā)育生物學(xué)

3、神經(jīng)科學(xué)

4、疾病免疫

樣品要求

詳情請聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理。

項(xiàng)目案例

Histology and shared gene xpression factors in three cancer tissue sections

Spatial comparison of periphery and center of tumor transcriptomes

Stromal heterogeneity and reactive stroma in the microenvironment of inflammation

學(xué)術(shù)文章

Visium空間轉(zhuǎn)錄組

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