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蛋白功能注釋

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項(xiàng)目介紹

      對(duì)感興趣的蛋白進(jìn)行功能注釋?zhuān)员阌诶斫膺@些蛋白的各種生物學(xué)意義。功能注釋包括：Gene Ontology 功能，KEGG 通路，蛋白結(jié)構(gòu)域，亞細(xì)胞定位，Complex ( 復(fù)合體 )，COG/KOG 注釋。

Gene Ontology分析

     GO 分析是一種能夠?qū)⒒蚺c基因產(chǎn)物（如蛋白質(zhì)）的各項(xiàng)信息有機(jī)聯(lián)系在一起的生物信息學(xué)分析方法，包括 Biological Process（生物進(jìn)程），Cellular Component（細(xì)胞組成），Molecular Function（分子功能）。主要來(lái)源于 UniProt-GOA 數(shù)據(jù)庫(kù)，并使用 InterProScan 預(yù)測(cè)進(jìn)行補(bǔ)充注釋。

KEGG通路注釋

      KEGG 是系統(tǒng)分析蛋白和化合物在細(xì)胞中的代謝途徑以及蛋白功能的數(shù)據(jù)庫(kù)。使用 KEGG 在線(xiàn)服務(wù)工具 KAAS 和 KEGG mapper 獲取 KEGG 通路注釋的結(jié)果。

蛋白結(jié)構(gòu)域注釋

      蛋白結(jié)構(gòu)域是蛋白質(zhì)中在序列上具有保守性，且一般情況下可以獨(dú)立行使功能的特定蛋白區(qū)域，與蛋白質(zhì)完成生理功能有著密切的關(guān)系，經(jīng)常被用于蛋白質(zhì)分子進(jìn)化和功能學(xué)的研究。我們基于 Pfam、SMART 和 Interpro 等數(shù)據(jù)庫(kù)提供蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的功能注釋信息。

亞細(xì)胞定位

      蛋白質(zhì)只有轉(zhuǎn)運(yùn)到正確的位置才能參與細(xì)胞的各種生命活動(dòng)，我們對(duì)真核生物和原核生物分別使用 wolfpsort 軟件和 CELLO 軟件預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)定位信息。

Complex(復(fù)合體)

     蛋白復(fù)合體是由兩個(gè)以上功能相關(guān)的蛋白通過(guò)二硫鍵或其它蛋白質(zhì)相互作用所形成的復(fù)合物。蛋白復(fù)合體種類(lèi)繁多，很多性質(zhì)和功能還未研究透徹，是蛋白質(zhì)組學(xué)的重要研究對(duì)象。我們基于 CORUM 網(wǎng)站進(jìn)行蛋白質(zhì)復(fù)合體的注釋?zhuān)▋H針對(duì)人和小鼠兩個(gè)物種）。

COG/KOG注釋

     COG，即 Clusters of Orthologous Groups of proteins。構(gòu)成每個(gè) COG 的蛋白都是被假定為來(lái)自于一個(gè)祖先蛋白，并且因此或者是直系同源蛋白（orthologs）或者是旁系同源蛋白（paralogs）。原核生物的一般稱(chēng)為 COG 數(shù)據(jù)庫(kù)；真核生物的一般稱(chēng)為 KOG 數(shù)據(jù)庫(kù)。基于 COG/KOG 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行蛋白質(zhì)功能注釋?zhuān)梢詼?zhǔn)確地確定 orthologs 和 paralogs。


樣品要求

   詳情請(qǐng)聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理。

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